A horvát történelem része a magyarnak és a magyar történelmet sem lehet a horváttól különválasztani. 816 éven át államközösséget alkottak, mely ugyan viharoktól sem volt mentes, mégis a legjobban talán az jellemezi a két nemzet kapcsolatát, hogy évszázadokon át testvéreknek szólították egymást.
A horvát-magyar kapcsolatok kezdete 1089-ben gyökerezik, amikor Zvonimir királlyal kihalt az uralkodóház. Az Árpád-házi rokoni kapcsolatokra hivatkozva Szent László igényt formált a horvát trónra, elsőként unokaöccsét, Álmost tette meg a Tengermellék királyává. Mindeközben azonban László Szlavóniában megszilárdította helyzetét. Ennek fontos része volt a zágrábi püspökség megalapítása, mely később kulcsszerepet játszott Zágráb fővárossá való fejlődésében.
A kapcsolatokat még szorosabbra László utóda, Könyves Kálmán fűzte azzal, hogy 1102-ben perszonáluniót hozott létre a két állam között. Ez azt jelentette, hogy az uralkodó személye közös lett, de a két állam egysége nem kapott új nevet, hiszen önállóságuk teljes mértékben megmaradt. Horvátország nagyfokú autonómiáját jelezte az is, hogy választott bánok kormányzása alatt állt, a nemesek birtokait érintetlenül hagyták, ők a magyarokkal azonos jogokat élveztek, később pedig az önálló rendi gyűléseket is rendszeresen összehívták. A magyar-horvát kapcsolatok összefonódásának kezdete ez, mikor Kálmán Dalmácia királya is lett.
A horvát városok megerősödtek a magyar királyok uralkodása alatt és érdekeiket is a Magyar Királysághoz való ragaszkodás szolgálta, hiszen ekkoriban már a Velencei Köztársaság rendszeres támadásai fenyegették szabadságukat.
A középkor kihívásai még szorosabbra kovácsolták a magyarok és a horvátok egységét. A két ország közös ellenségei, a tatárok, a velenceiek és a törökök támadásai háborúkkal teli évszázadokat hoztak magukkal. A tatárok elől menekülő IV. Bélát Klissza várába és később Trau várába (a mai Trogirba) fogadták be, cserébe a török háborúk idején Magyarország horvát menekültek tömegei előtt nyitotta meg kapuit. A horvátok vitathatatlanul sokat segítettek a tatárjárás utáni helyzet rendezésében a magyaroknak. Ebben elsősorban a vezető horvát családoknak, a Frangepánoknak és a Subicsoknak, valamint az ő katonai erejüknek volt főszerepe. A horvátok pedig I. Nagy Lajosnak köszönhettek sokat, nem véletlen, hogy egyik legnagyobb királyukként tartják számon. Az Anjou uralkodó visszavette a Velence által elkobzott dalmát városokat. Ezek az újlatin települések ennek következtében tudtak a későbbiekben teljesen horváttá válni, sőt a horvát nemzeti kutúra és irodalom ébredésében és fejlődésében később övék lett a vezető szerep.
A török háborúk amellett, hogy mindkét ország történelmébe az egyik legvéresebb korszakként írták be magukat, a horvát-magyar együttműködést még felsőbb szintre emelték.
Az 1526-os mohácsi csata után Magyarország és Horvátország nyugati része Habsburg fennhatóság alá került. Azonban hamar világossá vált, hogy az a függetlenség, melyet a horvátok a Magyar Királyságon belül élveztek, lassan a semmibe vész. A Habsburg uralkodók a centralisztikus politika érvényesítésével folyamatosan letörték a horvát rendek függetlenségi törekvéseit és egyértelmű célul tűzték ki a horvát területek beolvasztását a birodalomba. Ennek egyik legbeszédesebb jele volt, hogy már a horvát rendi gyűlést, a nemesek fórumát, a szábort sem engedték összehívni. A 16-18. században a Habsburgokkal szembeni ellenállás hozta újra össze a horvátokat és a magyarokat. A két nemzet együttműködésének egyik legszebb példája az 1664-1671 közti Wesselényi-féle összeesküvés volt, melyet azonban az udvar részéről súlyos megtorlás követett.
Az 1700-as évek beköszöntével azonban új időszámítás kezdődött a két nemzet kapcsolatában, hiszen a korábbi jó viszony lassan felbomlani látszott, sőt egyre élesebb ellentétek ütötték fel fejüket. Kiéleződésüket az 1790-es országgyűlést követően már nem lehetett figyelmen kívül hagyni. A magyar rendek arra irányuló törekvését, hogy a magyar nyelv legyen a hivatalos, a horvátok nem voltak hajlandók elfogadni. Ez csak a kezdetét jelentette a lavinának, ami a reformkorig egyre nagyobbra duzzadt, majd tetőpontját az illírizmus, a horvát nemzeti mozgalom megjelenésével érte el. A horvátok célja ekkor már az volt, hogy a birodalmon belül a Habsburgokkal és a magyarokkal egyenjogú államként vegyék őket számba, míg a magyarok egyértelműen saját súlyuk növelésével próbálták háttérbe szorítani a horvát törekvéseket. Ennek következtében került sor az első és egyetlen fegyveres összecsapásra a horvátok és a magyarok között 1848-ban.
Bár a harcban Jellasics horvát bán erősen élvezte a Habsburgok támogatását, a neoabszolutista rendszer idején a horvátok kénytelenek voltak búcsút venni eredeti célkitűzéseiktől. Az udvar egyszerre törte le a magyar és a horvát nemzetállam létrehozására irányuló törekvéseket, ugyanakkor ez hozta el újból a két nemzet egymásra találását. A 19. század második felétől helyreállt a régi jó kapcsolat, magyar és horvát újra sorstársnak tekintette egymást. Ezt koronázta meg az 1868-as magyar-horvát kiegyezés, melyben a horvátok részleges önállóságot kaptak, ám éppen nem azokon a területeken – pénzügy, gazdaság -, ahol szerették volna. Horvát-Szlavónország a magyar korona alá tartozott, míg Isztria és Dalmácia a Monarchián belül osztrák kézen maradtak. Ez volt az alapja a későbbi egységesítési törekvéseknek, mely a 19. században a horvát nacionalisták vesszőparipájává vált.
A 20. században a Jugoszláv királyság, majd a későbbi föderatív Jugoszlávia idején egyaránt a magyar-horvát kapcsolatok lazulása volt jellemző. Ebben a politikai történések mellett az is közrejátszott, hogy a jugoszláv ideológia mindenáron megpróbálta az elmúlt évszázadok kapcsolatait is negatív színben feltüntetni, azt a látszatot keltve, mintha most hullna le a lepel a korábban áldásosnak hitt, ám valójában mindvégig a horvátok sanyargatásán alapuló együttműködésről.
A kommunizmus végleges összeomlása után Magyarország azonban újból segítő kezet nyújtott a horvátoknak, a kapcsolatok pedig minden téren újra megerősödtek. Napjainkban a két nemzet megint afelé tendál, hogy a Zrínyiek korában virágzó testvérnemzeti viszony újjáéledjen.
