Lóczy Lajos (1849-1920) geológus és geográfus, aki a Balaton egyik legelismertebb szakértője úgy véli, hogy egykor a Balaton hat különálló medencéből állt és fokozatosan alakult ki, mivel a medencéket egymástól elválasztó hátságok elmosódtak. A Kis-Balaton volt a hatodik legnyugatibb medence, amelynek a talaja mélyebb volt a többinél, éppen ezért telt meg vízzel. Elpusztulásának oka leginkább a tőzegesedés volt. A tőzeg az elpusztult növényi részekből alakul ki, amelyek felhalmozódnak és egymás fölé rakódnak, rétegeket alkotva, ezeket pedig beborította a Zala iszapja. Ezáltal a Kis-Balaton vízmélysége egyre csökkent. A természetes folyamatokat az ember közbelépése is gyorsította. A XIX. század során a Kis-Balaton Hídvég és Fenékpuszta közötti vízterülete még nyílt volt és hajózható. Akkoriban még Balatonnak tekintették. 1836 és 1839 között kevés csapadék hullott, így a tó vízszintje lecsökkent, ekkor szűkítették meg töltésekkel és hidat építettek fölé, így révészre már nem volt szükség. A tó pusztulásának folyamatában az is közrejátszott, hogy a Zala folyót védőgátakkal szabályozták az érdekelt földtulajdonosok, így az addig a folyómederben szétterülő iszap a Kis-Balatonba került. A Kis-Balaton vízterülete 1922-ben még jobban zsugorodott, így manapság az egész vízterülete, alig 0,68 négyzetkilométer. Még ez a kicsiny vízterület is ketté van vágva a Zala töltésével, a zalavári- és a vörsi vízre. Napjainkban több mint 250 madárfajt figyeltek meg itt, amelyből 150 itt is fészkel. A Kis-Balaton az egyik legjelentősebb fészkelőhelye a kócsagoknak, éppen ezért a Kis-Balaton fokozottan védett természeti terület, ahova csak előzetes engedéllyel és kísérővel lehet belépni.
