Szlovákia területéből több mint 10.000 km2 tartozik védettség alá, ötödét pedig nemzeti parkok alkotják. Ezek jelentik a természeti szempontból legértékesebb részeit az országnak, melyeknek túraútvonalain és tanösvényein szigorúbb szabályok vonatkoznak a kirándulókra. A barlangok, vízesések, hegycsúcsok, völgyek alkotta szlovák tájak felfedezése megunhatatlan kikapcsolódási lehetőség a természetjáró turisták számára.
Magas-Tátra Nemzeti Park
A szlovákok nemzeti jelképe az országban elsőként létrehozott nemzeti park. A lengyel határokon átnyúló területekkel együtt 1993 óta az UNESCO Bioszféra rezervátumát alkotja. Meredek sziklákkal, kopár hegygerincekkel, fenyveserdőkkel, lágy lejtőkkel és rétekkel tarkított a táj. Olyan ritka állatok is élnek itt, mint a barnamedve, a sas vagy mormota, a zerge pedig a park szimbóluma. Különleges értéket ad neki, hogy a jégkorszak óta elszigetelten tudott élni és fejlődni az itteni hegyekben, ezért különbözik nagyban az Alpokban és az Appenninekben élő rokonaitól. Rendkívüli védelem alatt áll, hiszen csupán 300 zerge él a területen. A nemzeti park különösen nagy számban büszkélkedhet vízesésekkel és hegyi tavakkal, melyek között 175 “plesa” van, ami a jég mozgásának következtében alakult ki. Köztük a legnagyobb a Nagy-Hinci-tó, melynek felülete 0,2 km2-t fed le, legmélyebb pontja pedig 58 m. Itt találhatók Szlovákia legnépszerűbb tavai, mint a Poprádi- vagy a Csorba-tó, melyeknek partjain zsúfolt üdülőhelyek sorakoznak. A nemzeti park legmagasabb pontja a Gerlachfalvi-csúcs 2655 m-en, ez egyúttal Szlovákia, a Magas-Tátra, sőt, a Kárpátok legmagasabb hegycsúcsa is.
Szlovák Paradicsom Nemzeti Park
Az 1988-ban létrehozott nemzeti park nagy része fennsík, melyet kanyonok, sziklakiszögellések, völgyszorosok tesznek változatossá. Legmagasabb pontja az Ondrejisko, avagy a Tündér-hegy 1270 m-en. Jellegzetességei a vízesésekkel tűzdelt szurdokok, melyeknek többségét a Nyilas- és a Hernád-folyó formálta. 328 km2-es területének nagy részét fenyvesek borítják, a felszín alatt pedig Szlovákia rejtett kincsei, a barlangok húzódnak. A nemzeti park ékessége a Medve-barlang és a Dobsinai-jégbarlang, ez utóbbi az UNESCO Világörökségek közé tartozik. Sok olyan település van a park területén, mely egykor pásztorok, favágók szálláshelye volt, napjainkra pedig a környék idegenforgalmi központjává vált, mint pl. Imrikfalva. A nemzeti park állatvilágát tekintve szintén értéket képvisel, élőhelye a szirti sasnak, a barnamedvének és a fekete gólyának.
Kis-Fátra Nemzeti Park
Szokatlanul nagy mennyiségben megtalálható természeti kincsei miatt 1967-ben nyilvánították védettnek a területet. Először tájvédelmi körzetet, majd 1988-ban nemzeti parkot hoztak létre az itt honos növény- és állatfajok védelmére. 6 olyan növény- és 29 olyan állatfaj él itt, melyek európai jelentőséget képviselnek, köztük a barnamedve, a hiúz, a nagy tarajos gőte, orchideák és húsevő növények. A nemzeti park vízesései közül a legmagasabb a 38 m-ről alázuhanó Sutovsky-vízesés, de több ásványi forrás is fakad itt. A Kis-Fátra Nemzeti Park télen-nyáron népszerű a turisták körében, akik kiépített kerékpárutakon is felfedezhetik a vidéket.
Murányi-fennsík Nemzeti Park
1997-ben lett nemzeti park a több mint 200 hektáros terület, ahol több mint 150 barlang és 15 mély szakadék található. A park legfőbb attrakciói a mészkő és karsztos sziklaképződmények, de a terület 90%-át tölgy-, bükk- és fenyőerdők borítják. Ezek vadmacskák, medvék és félig vad lovak élőhelyei, melyek a szabadban legelésznek, így a kirándulók is találkozhatnak velük. A park legmagasabb pontja a Fabova hol’a 1439 m-en. Idegenforgalmi látványosságai közé tartoznak az összesen 300 km hosszan futó, jelzett turistautak és két tanösvény. A túrák többsége Vereskőről és Murányaljáról indul.
Alacsony-Tátra Nemzeti Park
A terület természeti értékei több mint három évtizede áll védettség alatt. Ez Szlovákia legnagyobb kiterjedésű nemzeti parkja, mely a Vág és a Garam völgye között helyezkedik el. Mivel a park meglehetősen nagy, 1300 m-es szintkülönbséget foglal magába, élővilága pedig ennek megfelelően nagyon változatos képet mutat. Legmagasabb csúcsa a Gyömbér 1043 m-en, de a szép, karsztos területen sok érdekes barlang is található, mint a Déményfalvi-jégbarlang, a Szabadság-barlang vagy a Vázseci-barlang. A nemzeti parkban számtalan növényfaj él, a legmeghatározóbbak a luc, juhar, bükk, kökörcsin, ibolya, állatai között megtalálható a róka, a hiúz, a vadmacska és a medve is. Ha szerencsénk van, a sziklákon zergét is megpillanthatunk. Hideg hegyi patakjaiban a vörös pisztráng és a vidra is megél, a fűben az európai viperára érdemes odafigyelni.
Pieniny Nemzeti Park
Területének szempontjából a legkisebb a szlovák nemzeti parkok között, azonban szépségét tekintve semmivel sem marad el a többi mögött. A szlovák-lengyel határon húzódik, rajta a Dunajec-folyó fut keresztül, ami az egyik legfőbb vonzereje, az ide érkező kirándulók szinte egytől egyig részt vesznek a tutajos kirándulásokon, hogy különleges szemszögből csodálják meg a Pieniny gyönyörű tájait. A Dunajec szurdoka a raftingosok és a túrázók kedvence pontja a parkon belül. A Dunajec völgyében otthon van a vidra, a szarvas, a medve és a farkas, valamint számtalan vízi állatfaj és több hüllő. A nemzeti park nemcsak természeti látnivalói tekintetében képvisel értéket, de a folklór is fontos szerepet játszik a vidéken. Különösen szép példája ennek az építészet és néphagyományok tekintetében is jelentős Vöröskolostor.
Szlovák Karszt Nemzeti Park
Közép-Európa legnagyobb kiterjedésű, 440 km2-t lefedő karsztos területe. 1100 barlangjának és szakadékának egy része az UNESCO Világörökségek listáján természeti és kulturális értéke miatt szerepel. Leglátványosabb része az Ochtinai- és a Domicai-barlang, de nyaranta talán a legnépszerűbbek a Szilicei-jégbarlanghoz tett túrák. A nemzeti park területén áll a Betliár-kastély és Krasznahorka-vára, melyekhez szintén el lehet jutni a parkban kijelölt túraútvonalakon keresztül.
Polonyinák Nemzeti Park
Egyik legtávolabbi része Szlovákiának, ami egyre népszerűbb a turisták körében. 1997-ben alakították ki a nemzeti parkot 973 hektáron, a szlovák-lengyel-ukrán határok közelében. Ez Szlovákia legkevésbé lakott és legkeletibb része, ahol a túrázáshoz a legjobb kiindulópontok Újszék, Runina és Topola. A Polonyinák Nemzeti Park fontos átmenetet képez a Nyugati- és a Keleti-Kárpátok geo- és ökoszisztémái között, ami egyértelműen tükröződik a növény- és állatvilág populációinak eloszlásában és átfedésében. Itt találhatók a nagy kiterjedésű, ősi bükkösök, melyek az UNESCO Világörökségek közé tartoznak.
Nagy-Fátra Nemzeti Park
A Szlovákia középső részein elterülő nemzeti park megszakítás nélküli erdőségeiről és hosszú völgyeiről nevezetes. A területen számtalan barlang van, de közülük csupán egy, a Harmanec látogatható. A legelők, a sziklák és a völgyek nagyon változatos élővilágnak adnak otthont, a közép-európai nagy ragadozók valamennyi fajtája megtalálható itt, köztük a hiúz, a barnamedve és a farkas is. A parkot rengeteg látogató keresi fel, a túrák kiindulási pontja legtöbbször Liptószentmárton, Stubnyafürdő és Rózsahegy. Télen a Jesenska-völgy, Kasova és Lehota vonzzák a legtöbb látogatót.
