Az első írásos dokumentumok 1797-ben egy Aliga nevű vendégfogadót említenek, amelyről a későbbiekben a település is kapta a nevét. Az 1847-es évben Balatonfőkajár határának részét képezte. Balatonaligán 1902-ben alakították ki a fürdőtelepet, ugyancsak ekkor parcellázták fel a területet. Az 1920-as évek folyamán egy részvénytársaság is alakult, a fürdőtelep fejlesztése miatt. Az 1945-ös évben megépült a két oldalról mólóval határolt kikötő. Balatonaliga, közigazgatásilag Balatonkeneséhez tartozik.
