Amint megindult a törökök európai inváziója, Horvátország ismét határterület lett. A horvátok egyre több csatát voltak kénytelenek vívni és egyre több területet vesztettek el. Az 1493-ban Krbava területén, majd az 1526-ban Mohácsnál zajlott ütközet a törökök döntő győzelmét hozta. II. Lajos a mohácsi csatában meghalt, utódja Szapolyai János lett. A magyar parlament azonban ezzel párhuzamosan Habsburg Ferdinándot is magyar királlyá választotta. A horvát parlament úgy határozott, hogy Ferdinándot ismeri el uralkodójának azzal a feltétellel, hogy védelmet nyújt a horvátoknak a törökökkel szemben és tiszteletben tartja politikai jogaikat.
A korona a Habsburgok kezébe került, az Oszmán Birodalom terjeszkedése pedig a 16. században is folytatódott, megszerezve Szlavónia, Nyugat-Bosznia (Török-Horvátország) és Lika nagy részét.
A Habsburgok uralkodása alatt a horvátok sokat veszítettek önállóságukból – még a parlamentjüket sem hívták össze -, hiszen Bécs egyértelműen a centralizmus politikáját terjesztette ki a horvát területekre is.
19. század
A 19. századra Horvátország egésze a Habsburgok alá tartozott, csupán egy része maradt ettől független, a még mindig török uralom alatt álló későbbi Bosznia-Hercegovina.
A század közepén született meg a horvát romantikus nacionalista törekvés a németesítési és magyarosítási szándék ellensúlyozására. Az illír mozgalom az 1830-as évektől bontakozott ki, számos befolyásos személyiség csatlakozott hozzá. A mozgalom a horvát kultúra és a nyelv szempontjából számos fontos előrelépést eredményezett.
