A korona a Habsburgok kezébe került, az Oszmán Birodalom terjeszkedése pedig a 16. században is folytatódott, megszerezve Szlavónia, Nyugat-Bosznia (Török-Horvátország) és Lika nagy részét.
A Habsburgok uralkodása alatt a horvátok sokat veszítettek önállóságukból – még a parlamentjüket sem hívták össze -, hiszen Bécs egyértelműen a centralizmus politikáját terjesztette ki a horvát területekre is.
19. század
A 19. századra Horvátország egésze a Habsburgok alá tartozott, csupán egy része maradt ettől független, a még mindig török uralom alatt álló későbbi Bosznia-Hercegovina.
A század közepén született meg a horvát romantikus nacionalista törekvés a németesítési és magyarosítási szándék ellensúlyozására. Az illír mozgalom az 1830-as évektől bontakozott ki, számos befolyásos személyiség csatlakozott hozzá. A mozgalom a horvát kultúra és a nyelv szempontjából számos fontos előrelépést eredményezett.
Az 1848-as horvát forradalmakat elsősorban a magyar nacionalizmustól való félelem vezérelte. A magyar forradalmi erőkkel szemben a horvátok a Habsburg udvartól kaptak támogatást. Annak ellenére, hogy Jellasics bán elfojtotta a magyar szabadságharcot, Horvátország továbbra sem kapott nagyobb figyelmet a Habsburgoktól, akárcsak Magyarország, mely autonómiáját teljes egészében elvesztette. 1867-ben létrejött a Monarchia, 1868-ban pedig megszületett a kiegyezés a horvátok és a magyarok között, mely viszonylag kedvező feltételeket tartalmazott a horvátokra nézve, de még így is maradt néhány megoldatlan kérdés, pl. a stratégiailag fontos kikötő, Rijeka hovatartozása.