Balatonkeresztúr a honfoglalás idején Vérbulcsú szállásterülete volt, majd az 1400-as évekig a somogyvári apátsághoz tartozott. A XV. század során Possesio Crucis, illetve Kerestur neveken említik a települést. Egészen 1550-ig a Tolna megyéből származó Keresztúriaké volt a település. 1600-ban, Kanizsa elestét követően a török dúlások itt is kezdetüket veszik és Balatonkeresztúr mindkét templomát lerombolják.
Az 1698 és az 1945-ös évek között a Festetics család tulajdonában volt a település. Festetics Pál vendégül látta itt Bél Mátyást, aki ezen a helyen írta 1731 és 1735 között, az első tudományos leírását a községről, illetve a Balaton vidékéről. Balatonkeresztúron a fürdőélet felvirágzása az 1870-es években kezdődött, amikor a Somogyszob-Szentgyörgyi vasút kiépült.
A település Szent Kereszt nevű temploma egy középkori épület alapjaira épült. A templomot 1753 és 1758 között építette Festetics Kristóf, Hofstádter Kristóffal. A templom főoltárán egy kép látható, amely a kereszt mennybevitelét ábrázolja. A templomban több kép is látható, a szentély bal oldalán Szent Ilona tekinthető meg, amint megtalálja a keresztet, felette a festett ablakokon keresztül kitekintő építtető és a plébános látható. A jobb oldalon a Herclius császár visszaszerzi a keresztet című kép tekinthető meg. A falakon az apostolokat láthatjuk, Andrást, Tádét, Simont, Bertalant, Fülöpöt, Mátét, Jánost és Jakabot az attribútumokkal. A freskók eredete nem tisztázott, valószínűleg Dorfmeister István, vagy Maulbertsch valamelyik tanítványa készítette őket.